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1、民族药资源研究与开发方向：围绕彝药、傣药等我省特色民族药物、天然药物及相应医药产品，采用现代医药学理论和技术，进行药物资源和应用基础的调查、整理，研究我省特色民族药物及其制剂的物质基础、安全性和药理活性、质量评价、产品开发等内容，并开展药物质量研究、评价及产品研发等工作。毕业研究生授理学硕士学位。

2、制药工艺及药品质量控制技术方向：以重要制药工业品种、特色药物资源及其成方制剂等为主要研究对象，开展一系列的药物物质基础研究、药物制剂研究和药物质量研究，并在此基础之上开展药物质量控制、生产工艺、产品研发等工作。毕业研究生授理学硕士学位。

3、临床应用药学方向：主要围绕药物临床前研究、药物不良反应监测、治疗药物监测、临床药品合理使用、药事管理几个方向开展研究，在紧密结合临床实践的基础之上，研究药物的体内过程、药物对机体的作用规律及作用机制、新药的注册与申报、药物不良反应监测、药物体内浓度等方面的内容，培养药品开发与临床药品合理使用能力，通过药学领域的管理实践训练，培养药物政策制定、解读和监管执行能力。毕业研究生授理学硕士学位。